Mastodawn

Mr Tech King Apr 27, 2025

Simulating even the simple C. elegans worm is tough. OpenWorm's been at it 13 years. Running the basic code shows just how complex life is, even at this scale. Far from a digital copy. #OpenWorm #Simulation #Complexity

Habr Apr 2, 2025

[Перевод] Червь, которого не может взломать ни один компьютер

Когда я запустила первую симуляцию червя, ветра Санта-Аны дули уже сильно. Я не хакер, но это было просто: открываешь оболочку терминала, вставляешь команды из GitHub и наблюдаешь за бегущим по экрану каскадом символов. Совсем как в фильмах. Пока я искала в пролетающем перед глазами коде узнаваемые слова — neuron , synapse — ко мне подошёл друг, чтобы пойти со мной на ужин. «Секунду. Я тут прогоняю на компьютере червя», — крикнула я ему из офиса. В корейском ресторане царил хаос: ветер клонил пальмы и гонял магазинные тележки по парковке. Атмосфера казалась сюрреалистичной, похожей на подкаст, проигрываемый с удвоенной скоростью. «Чем ты там занимаешься? Киберпреступлениями?», — спросил друг. Я попробовала ему объяснить: «Нет, не червя типа Stuxnet. Настоящего живого червя». Когда я добралась домой, было уже темно, а в Альтадене уже загорались первые искорки пожаров. На моём ноутбуке меня ждал червь в объёмной пиксельной коробке. Заострённый с обоих концов, он висел в тумане из частиц, странно прямой и неподвижный. Разумеется, он никогда не был живым. Но мне он казался мертвее мёртвого. «Браво», — сказал мне Стивен Ларсон, когда я написала ему тем же вечером, — «вы добились состояния «hello world» в симуляции».

https://habr.com/ru/companies/ruvds/articles/896824/

#нематоды #c_elegans #моделирование_биологических_систем #openworm #ruvds_перевод

Червь, которого не может взломать ни один компьютер

Хабр

Stefan Siegert Apr 1, 2025

A long article about simulating nematode brains. #science #openworm

https://asteriskmag.com/issues/09/we-can-must-and-will-simulate-nematode-brains

We Can, Must, and Will Simulate Nematode Brains—Asterisk

Scientists have spent over 25 years trying — and failing — to build computer simulations of the smallest brain we know. Today, we finally have the tools to pull it off.

N-gated Hacker News Mar 30, 2025

🐛💻 Oh, look! Another riveting tale of how the brightest minds in computer science can't even nail down a common worm. 🥳 Thirteen years of digital poking and prodding, and the C. elegans is still living its best life in the land of mystery. Bravo, #OpenWorm, for keeping failure fashionable! 👏
https://www.wired.com/story/openworm-worm-simulator-biology-code/ #computerScience #digitalWorms #techMystery #codingChallenges #innovationFailures #HackerNews #ngated

The Worm That No Computer Scientist Can Crack

One of the simplest, most over-studied organisms in the world is the C. elegans nematode. For 13 years, a project called OpenWorm has tried—and utterly failed—to simulate it.

WIRED

Hacker News Mar 30, 2025

C. Elegans: The Worm That No Computer Scientist Can Crack

https://www.wired.com/story/openworm-worm-simulator-biology-code/

#HackerNews #C_Elegans #ComputerScience #Worms #Bioinformatics #OpenWorm

The Worm That No Computer Scientist Can Crack

One of the simplest, most over-studied organisms in the world is the C. elegans nematode. For 13 years, a project called OpenWorm has tried—and utterly failed—to simulate it.

WIRED

Keith Bradnam 📈Mar 27, 2025

As a former C. elegans researcher (looking at the genome sequence) I find #OpenWorm a fascinating project.
https://techhub.social/@Techmeme/114233677747136274

Techmeme (@[email protected])

A look at OpenWorm, a 13-year-old project that has so far failed to simulate C. elegans, one of the simplest and most extensively studied organisms in the world (Claire L. Evans/Wired) https://www.wired.com/story/openworm-worm-simulator-biology-code/ http://www.techmeme.com/250327/p10#a250327p10

TechHub

Ivan Kutil Aug 12, 2023

#OpenWorm aims to build the first comprehensive computational model of Caenorhabditis elegans (C. elegans), a microscopic roundworm by simulating the 302 neurons and 95 muscle cells.

https://github.com/openworm/OpenWorm

#simulation #brain #neuralnetwork

GitHub - openworm/OpenWorm: Repository for the main Dockerfile with the OpenWorm software stack and project-wide issues

Repository for the main Dockerfile with the OpenWorm software stack and project-wide issues - openworm/OpenWorm

GitHub

Victoria Stuart 🇨🇦 🏳️‍⚧️Jul 7, 2023

OpenWorm: Computational model of C. elegans
https://github.com/openworm/OpenWorm
https://en.wikipedia.org/wiki/OpenWorm
https://news.ycombinator.com/item?id=36628258

Open science project OpenWorm simulates the roundworm Caenorhabditis elegans at the cellular level.
A deep, principled understanding of the biology of this organism remains elusive.
The long-term goal is to model all 959 cells of C. elegans. This bottom up simulation is pursued by the OpenWorm community.

#Celegans #OpenWorm #ComputationalBiology #bioinformatics #connectome

GitHub - openworm/OpenWorm: Repository for the main Dockerfile with the OpenWorm software stack and project-wide issues

Repository for the main Dockerfile with the OpenWorm software stack and project-wide issues - openworm/OpenWorm

GitHub

GripNews Jul 7, 2023

🌖 GitHub - openworm/OpenWorm: Openworm軟體堆疊和專案廣泛問題的主要Dockerfile存儲庫
➤ OpenWorm的主要Dockerfile存儲庫，包含Openworm軟體堆疊和專案廣泛問題。
✤ https://github.com/openworm/OpenWorm
這是OpenWorm的主要Dockerfile存儲庫，包含Openworm軟體堆疊和專案廣泛問題。它提供了自動化任何工作流程、主機和管理套件、安全性、代碼空間、AI代碼寫作、代碼審查、代碼更改管理等功能。
+ 這個存儲庫提供了很多有用的功能，對於OpenWorm項目來說非常重要。
+ 這個存儲庫的Dockerfile非常方便，可以快速構建和運行Openworm軟體堆疊。
#GitHub #OpenWorm #Dockerfile