🧬 #Bioinformatik: Bei der RNA-Sequenzierung von Gewebeproben misst man, wie viel #RNA eines Gens in der gesamten Probe vorkommt. Mit sogenannten #Deconvolution-Verfahren versucht man dann, aus den Messdaten die Zell-Zusammensetzung zu berechnen. Ein Team von Uni Innsbruck & TU München entwickelte jetzt „omnideconv“ – ein frei zugängliches Framework, das verschiedene dieser Verfahren mit einem Benchmarking vergleichbar macht.

👉 https://omnideconv.org/

📖 https://link.springer.com/article/10.1186/s13059-026-03955-w

#Genomik

#Methode
Das neu #KI-Tool #AlphaGenome sagt voraus, wie sich Sequenzänderungen durch Mutationen z.B. auf Genexpression oder Splicing auswirken. Mit Vorhersagen zu 11 Eigenschaften ist es umfassender als bisherige Tools, dennoch ist es nicht fehlerfrei, zelltypspezifische Expression bleibt eine Herausforderung und jenseits von Maus & Mensch ist das Modell keine Hilfe.

Mehr im Artikel von Andrea Pitzschke: https://www.laborjournal.de/editorials/3425.php

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Biomedizininformatiker der @ethzurich haben ein Tool entwickelt, das DNA-, RNA- und Proteinsequenzen aus globalen Forschungsarchiven wie eine Suchmaschine indexiert und durchsuchbar macht. Wie funktioniert das und welche Chancen eröffnet es für Forschung und Medizin? Mehr im Artikel von Melanie Wellnitz:
https://www.laborjournal.de/editorials/3424.php

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#Forschung
#KI-Modelle wie AlphaFold3 gelten als Gamechanger bei der #Strukturaufklärung von Proteinen – doch wie „gesetzestreu“ sind ihre Vorhersagen?
Eine Studie der @unibasel zeigt: Selbst modernste Systeme modellieren Protein-Liganden-Interaktionen häufig ohne Berücksichtigung physikalisch-chemischer Prinzipien. Der Artikel von Larissa Tetsch: https://www.laborjournal.de/editorials/3418.php

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#Biobussines
„Aus Fehlern lernt man“ – ein oft gehörter Spruch. Bioinformatiker Maximilian Sprang nimmt dies jedoch wörtlich und untersucht, wie kleine Abweichungen im Labor große Auswirkungen auf die RNA-Sequenzierung haben können. Dabei dreht er bewusst an den experimentellen „Stellschrauben“. Für sein Projekt „Erring Rigorously“ wurde er mit dem Einstein Foundation Award ausgezeichnet.
Mehr von Jan Westermeyer: https://www.laborjournal.de/editorials/3400.php

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Krebs erkennen, bevor er entsteht! Das #Münchner #Startup BioExoTec nutzt Exosomen, um Tumore frühzeitig zu detektieren und gewann damit die Ideenphase des Science4Life Venture Cups. Hinter der Technologie steht HNO-Ärztin Marie-Nicole Theodoraki – und ein Team mit großer Vision. Der Artikel von Tobias Ludwig:
https://www.laborjournal.de/editorials/3394.php

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