We did volumetry with #freesurfer (on #debian), and did data analysis with #emacs, #guix and #rstats. The article was written with #orgmode.

New post on the blog 🧠

"Setting up a Freesurfer LMM through R" takes you through a process that details the use of #rstats model.matrix function to create preparatory files for a commonly used tool in my field.

I hope its of use to y'all!

https://drmowinckels.io/blog/2024/freesurfer-lmm-r/

#rstats #neuroimaging #freesurfer

Creating post summary with AI from Hugging Face - Dr. Mowinckel’s

When you have lots of old blog posts, writing good summaries for SEO can be very tedious. Using AI, we can get summaries for our posts easily. Using httr2 we can access models through the Hugging Face API.

Let's start out with something fun! These images show FFF and SLA #3dprinting printouts of a high-resolution T1 #mri scan of my brain. I created them using some basic neuroimaging software, 3D modeling software, and my scan data. Some research labs make such prints as gifts for their #neuroimaging study participants. I already had my data from trial runs of our studies.

The (somewhat transparent) model was done on an SLA (resin) printer at about 40% actual size. I'm planning to do a life-size print eventually, but the printer is too small to hold my brain, so I'll need to print one hemisphere at a time and do some hand tool work.

The other two prints were done on an FFF 3d printer at life-size scale using glow-in-the-dark filament (a real kick at halloween to decorate with glowing models of your own brain).

I teach a technology innovation course for first-year business students and I love taking these models in after talking to them about 3D manufacturing and its applications (particularly in medicine). It is also fun to show students my T1 and fMRI data and say "here's proof your professor has a brain!"

#Freesurfer
#fsl
#blender

#ColdHawaii is calling

Die erste Session:

Super clean / hohe Periode / Sets: Hüft - Schulter hoch / leichter offshore Wind / viel Energie im Wasser

Perfekter Longboard Tag.

Dafür gibt es morgen auf den Kopf... Das wird heftig!

#lifeblog #soulsurfer #freesurfer #dk #coldwatersurfer #longboard_nord

🌊 Ab ins Wasser 🌊 #nurDreiWorte

Die Freude über einen Ausflug mit Freunden wächst. Niemand würde glaube, dass wir befreundet sind.
Wir kennen uns so gut, kennen so schräge Eigenschaften voneinander und wissen teilweise nicht wie die Frau heißt oder wie alt die Kinder sind.

Der Alltag spielt in dieser #Freundschaft auch keine Rolle.
Die #Leidenschaft verbindet.
Surfen verändert die Seele ...
#soulsurfer #freesurfer #coldwatersurfer #lifeblog
#dk #dänemark

Die Freude über einen Ausflug mit Freunden wächst.

Drei so unterschiedliche Charaktere.

Niemand würde glaube, dass wir befreundet sind und uns ggf. unser Leben anvertrauen.
Wir kennen so schräge Eigenschaften voneinander und wissen teilweise nicht wie die Frau heißt oder wie alt die Kinder sind.
Die #Leidenschaft verbindet.
Erlebnisse werden geteilt und hinterlassen Spuren von Freude.
Surfen verändert die Seele... Nachhaltig! #soulsurfer #freesurfer #coldwatersurfer #lifeblog