'Usefulness of microsatellite loci for differentiating between Dibothriocephalus dendriticus and Dibothriocephalus ditremus (Cestoda: Diphyllobothriidea)' - a Parasite Journal article published by @EDPSciences on #ScienceOpen:

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Usefulness of microsatellite loci for differentiating between <i>Dibothriocephalus dendriticus</i> and <i>Dibothriocephalus ditremus</i> (Cestoda: Diphyllobothriidea) <span class="so-article-trans-title" dir="auto"> Translated title: UtilitĂ© des loci microsatellites pour diffĂ©rencier <i>Dibothriocephalus dendriticus</i> et <i>Dibothriocephalus ditremus</i> (Cestoda : Diphyllobothriidea) </span>

<p xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" class="first" dir="auto" id="d1713179e211">Differentiating between two diphyllobothriid tapeworms <i>Dibothriocephalus dendriticus</i> and <i>Dibothriocephalus ditremus</i> is complicated due to their morphological plasticity, intraspecific variability and a wide range of common hosts. The aim of this study was to develop a species-specific PCR-based method for single-step discrimination between <i>D. dendriticus</i> and <i>D. ditremus</i>. Intraspecific variation and interspecific differences were analysed in subunits/spacers of nuclear rRNA genes and protein-coding genes of mitochondrial DNA. In addition, the specificity of primers designed for the amplification of microsatellite loci in <i>D. dendriticus</i> was tested on <i>D. ditremus</i> DNA. Due to high identity within the rRNA gene in these species, no suitable DNA regions could be identified for the design of the species-specific primers. A higher level of interspecific differences was detected in the mitochondrial <i>cox</i>1 and <i>cob</i> genes, in which regions containing species-specific mutations were chosen for the design of <i>D. dendriticus</i>- and <i>D. ditremus</i>-specific primers. However, their specificity was not confirmed, as the <i>D. dendriticus</i>-specific primers also annealed to <i>D. ditremus</i> DNA and <i>vice versa</i>. Of the 15 primer pairs designed for the amplification of microsatellite loci in <i>D. dendriticus,</i> 13 primer pairs also annealed to <i>D. ditremus</i> DNA. Only two primer pairs, which amplify the Dd_8 and Dd_33 loci have been proven to be <i>D. dendriticus</i>-specific. The effectiveness and high reproducibility of the Dd_8 primers were validated on ~3,500 <i>D. dendriticus</i> and <i>D. ditremus</i> plerocercoids from Iceland and Norway. These primers are recommended for future molecular differentiation between both <i>Dibothriocephalus</i> species. </p><p xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" class="first" dir="auto" id="d1713179e274">La diffĂ©renciation entre deux cestodes Diphyllobothriidae, <i>Dibothriocephalus dendriticus</i> et <i>Dibothriocephalus ditremus</i>, est complexe en raison de leur plasticitĂ© morphologique, de leur variabilitĂ© intraspĂ©cifique et de la grande diversitĂ© de leurs hĂŽtes communs. L’objectif de cette Ă©tude Ă©tait de dĂ©velopper une mĂ©thode de PCR spĂ©cifique Ă  chaque espĂšce pour la discrimination en une seule Ă©tape entre <i>D. dendriticus</i> et <i>D. ditremus</i>. La variation intraspĂ©cifique et les diffĂ©rences interspĂ©cifiques ont Ă©tĂ© analysĂ©es dans les sous-unitĂ©s/espaceurs des gĂšnes de l’ARNr nuclĂ©aire et dans les gĂšnes codant pour des protĂ©ines de l’ADN mitochondrial. De plus, la spĂ©cificitĂ© des amorces conçues pour l’amplification des loci microsatellites chez <i>D. dendriticus</i> a Ă©tĂ© testĂ©e sur l’ADN de <i>D. ditremus</i>. En raison de la forte identitĂ© au sein du gĂšne d’ARNr chez ces espĂšces, aucune rĂ©gion d’ADN appropriĂ©e n’a pu ĂȘtre identifiĂ©e pour la conception d’amorces spĂ©cifiques Ă  l’espĂšce. Un niveau plus Ă©levĂ© de diffĂ©rences interspĂ©cifiques a Ă©tĂ© dĂ©tectĂ© dans les gĂšnes mitochondriaux <i>cox1</i> et <i>cob</i>, dans lesquels des rĂ©gions contenant des mutations spĂ©cifiques Ă  l’espĂšce ont Ă©tĂ© choisies pour la conception d’amorces spĂ©cifiques Ă  <i>D. dendriticus</i> et <i>D. ditremus</i>. Cependant, leur spĂ©cificitĂ© n’a pas Ă©tĂ© confirmĂ©e, car les amorces spĂ©cifiques Ă  <i>D. dendriticus</i> s’hybrident Ă©galement Ă  l’ADN de <i>D. ditremus</i> et <i>vice versa</i>. Sur les 15 paires d’amorces conçues pour l’amplification des loci microsatellites chez <i>D. dendriticus</i>, 13 paires d’amorces s’hybrident Ă©galement Ă  l’ADN de <i>D. ditremus</i>. Seules deux paires d’amorces, qui amplifient les loci Dd_8 et Dd_33, se sont avĂ©rĂ©es spĂ©cifiques Ă  <i>D. dendriticus</i>. L’efficacitĂ© et la reproductibilitĂ© Ă©levĂ©e des amorces Dd_8 ont Ă©tĂ© validĂ©es sur ~3 500 plĂ©rocercoĂŻdes de <i>D. dendriticus</i> et de <i>D. ditremus</i> d’Islande et de NorvĂšge. Ces amorces sont recommandĂ©es pour la diffĂ©renciation molĂ©culaire future des deux espĂšces de <i>Dibothriocephalus</i>. </p>

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