#bwa upgrade: Fast genomic read alignment with minibwa
https://arxiv.org/abs/2606.15357
"It produces equivalent or slightly improved small variant calls, and more importantly, enables long-read alignment and doubles performance over BWA- MEM2."

https://github.com/lh3/minibwa
Limitations: Minibwa does not work with noisy long reads or spliced RNA-seq reads.

#bioinformatics #paper

Fast genomic read alignment with minibwa

Motivation: BWA-MEM remains a popular short-read mapper especially for the purpose of variant calling. Several groups have accelerated this algorithm as it has been the performance bottleneck of many current workflows. However, constrained by the original design, these drop-in replacements could only achieve limited speedup. Breaking changes to BWA-MEM are required for further improvement. Results: We developed minibwa for aligning short and accurate long reads against a reference genome. It combines BWA-MEM variable-length seeding with minimap2 chaining and base alignment. It speeds up BWA-MEM2 further with additional prefetch for seeding, new heuristics to skip unnecessary mate rescue and reduced effort in highly repetitive regions where reads would anyway be wrongly mapped due to structural changes. Minibwa is about four times as fast as BWA-MEM and over twice as fast as BWA-MEM2 at comparable accuracy. It also natively supports directional bisulfite sequencing data to high mapping accuracy. Availability and implementation: https://github.com/lh3/minibwa

arXiv.org

https://github.com/lh3/minibwa

Successor of bwa-mem for short-read alignment

"Minibwa aligns short reads against a reference genome. It is the successor of bwa-mem with a different algorithm. "

#bioinformatics #alignment #bwa

GitHub - lh3/minibwa: Successor of bwa-mem for short-read alignment

Successor of bwa-mem for short-read alignment. Contribute to lh3/minibwa development by creating an account on GitHub.

GitHub

Burkina Azza (BF) • Tunglleysa (IS) @ Ada • Svmerki • 26.06.26

🗓️ Start: 26 czerwca 2026 19:00
⏳ End: 26 czerwca 2026 22:00
📍 Location: ADA Puławska, Puławska 37, 02-508, Warszawa, Poland

Svmerki serdecznie zapraszają na niezwykły koncert podczas którego muzycy z dalekiego półdniowego Burkina Faso zagrają obok z muzykami z dalekiej północnej Islandii! 🌞❄ Już 26 czerwca na Adzie Puławskiej wystąpi zespół 𝗕𝘂𝗿𝗸𝗶𝗻𝗮 𝗔𝘇𝘇𝗮 reprezentujący tradycyjną muzykę swojego regionu z wpływami współczesnej muzyki afrykańskiej oraz islandzki ambientowy duet 𝗧𝘂𝗻𝗴𝗹𝗹𝗲𝘆𝘀𝗮 muzyka którego przekracza granice poprzez improwizację z gitarą, elektroniką i nagraniami terenowymi!

·

Zespół 𝗕𝘂𝗿𝗸𝗶𝗻𝗮 𝗔𝘇𝘇𝗮 tworzy pięciu braci pochodzących z Nayeriny w regionie Djibasso, wywodzących się z linii muzyków balafonistów i perkusistów zwanych griotami, często określanych jako „żywe archiwum tradycji ludowych”. Dzieci ludu Bwa, ich muzyka jest odzwierciedleniem ich głębokiej miłości do kultury, tradycji i życia, przy jednoczesnym czerpaniu z wpływów współczesnej muzyki afrykańskiej.

https://burkinaazza.bandcamp.com
https://youtube.com/watch?v=VBQ6hgk3vYU
https://instagram.com/burkinaazza__officielle
https://facebook.com/troupeburkinaazza

Mimo że są balafonistami z pokolenia na pokolenie, używają też innych instrumentów perkusyjnych (djembé, bara, tama, doum) a także instrumentów strunowych (kora, n’goni) i kontynuują tradycję muzyki przodków, przekazywanej z ojca na syna.

·

𝗧𝘂𝗻𝗴𝗹𝗹𝗲𝘆𝘀𝗮 to duet z Reykjaviku, składający się z Pana (takie imię) Thorarensena i Thorkella Atlasona. Kładąc nacisk na ambient i eksperymentalne pejzaże dźwiękowe, ich muzyka przekracza granice poprzez improwizację z gitarą, elektroniką i nagraniami terenowymi.

https://spaceodyssey.bandcamp.com/album/tunglleysa-orkell-atlason-pan-thorarensen
https://youtube.com/watch?v=lR-tWj8D4II
https://instagram.com/tunglleysa
https://facebook.com/tunglleysa

Thorkell Atlason to islandzki kompozytor i gitarzysta. Studiował grę na gitarze klasycznej w Reykjaviku, a kompozycję w Reykjaviku i Rotterdamie. Jego utwory były szeroko wykonywane za granicą, w tym na Islandii.

Pan Thorarensen to muzyk i producent z Reykjaviku. Pan podróżował i prezentował swoją twórczość na całym świecie, występując na wielu festiwalach. Od dawna jest katalizatorem muzyki elektronicznej na Islandii. Siedemnaście lat temu założył i zorganizował Extreme Chill, który jest obecnie najdłużej działającym festiwalem na Islandii, skupiającym się na muzyce eksperymentalnej i sztuce dźwiękowej.

·

Partnerki i partnerzy:
AdaPulawska.org
AvantArt.pl
Bloody Cucumber
BolingoArt.com
Glissando.pl
NaOrzezach.pl
Podróżnych Ugościć
Radiowe Centrum Kultury Ludowej
Shoegazepl
Sztukmix.pl
Uknowme-records.com
10fuckingstars.wordpress.com

·

GDZIE: Ada Puławska / Puławska 37, Warszawa 02-508.

KIEDY: 26 czerwca 2026 r. Bramka 19:00, koncerty 20:00.
50

·

Więcej koncertów od Svmerki ✦

31.05 • La Casa Fantom (NOR) • Nesen (LV) @ Mechanik
https://facebook.com/events/913493661563579

10.07 • Able Noise (NL/GR) @ TBA

https://adapulawska.org/wydarzenie/burkina-azza-%f0%9d%97%a7%f0%9d%98%82%f0%9d%97%bb%f0%9d%97%b4%f0%9d%97%b9%f0%9d%97%b9%f0%9d%97%b2%f0%9d%98%86%f0%9d%98%80%f0%9d%97%ae/

https://github.com/fg-labs/bwa-mem2-rs Rust FFI crate for bwa-mem2 with packed-BAM output and caller-owned parallelism

#bioinformatics #bwa #mapping

GitHub - fg-labs/bwa-mem2-rs: Rust FFI crate for bwa-mem2 with packed-BAM output and caller-owned parallelism

Rust FFI crate for bwa-mem2 with packed-BAM output and caller-owned parallelism - fg-labs/bwa-mem2-rs

GitHub

A plea to anyone who toots country-specific stuff, especially in any form of English: please, please note or tag with the country.

Mentioning English here because it's the national language of a lot of places.

Note to self: must practise this habit.

Signed, a confused franglaise. Bisous.

#UK #IRL #CAN #Oz #Aotearoa #USA #BWA etc etc

https://www.walknews.com/955878/ フランス政府対外貿易顧問委員会 委員長ソフィー・シドスが語る、これからの未来に必要なものとは。【仕事が私にくれたもの】|Society & Business|madameFIGARO.jp(フィガロジャポン) #BWA #France #message #インタビュー #フィガロ25年8月号 #フランス #大阪・関西万博

Wer daran teilgenommen hat: Log einsenden nicht vergessen!

Die Frist für den #BWA endet diesen Mittwoch!

Am Vormittag des Ostersamstags ist wieder der Contest "Baden-Württemberg Aktivität"

Also, wem noch A oder P im Logbuch fehlt, hier ist die Gelegenheit:

2025-04-19 07:00 - 12:00 UTC

Zeiten, Band und Mode beachten:

https://www.darc.de/der-club/distrikte/a/ortsverbaende/36/bwa

#BWA2025 #BWA #BadenWürttembergAktivität #savethedate

Baden-Württemberg Aktivität - DARC

"BWA-0.7.19 released with a fix to the internal HD-line bug introduced in 0.7.18"

https://github.com/lh3/bwa/releases/tag/v0.7.19

#bioinformatics #bwa #mapping

Release BWA-0.7.19 (r1273) · lh3/bwa

Notable changes: Bugfix: internal @HD lines. The bug was introduced in 0.7.18. Merged #414, #391, #346, #312, #311, #308, #291, #288, #286 and #212 BWA produces alignments identical to v0.7.17 an...

GitHub

Kennt wer den alten Fall vom #Mafia Pizzabäcker und #GuentherOettinger von der #CDU?

Tja. Das autokratische Regime von #China kann das auch. Nennt sich #Einflussagenten. Die Influencer des Bösen sozusagen.
In der Investigativrecherche von #ntv wird dieses Netzwerk näher beleuchtet.

Persönlich weiß ich nicht, was ich von #MichaelSchumann von der #BWA halten soll. In der Recherche macht er in einem Interview einen ziemlich unbedarften Eindruck.

https://www.n-tv.de/mediathek/videos/politik/Wie-Chinas-Einflussagenten-Deutschland-infiltrieren-article25270609.html

Recherche im Schatten-Netzwerk: Wie Chinas "Einflussagenten" Deutschland infiltrieren

China arbeitet unter Xi Jinping systematisch daran, die USA als Weltmacht abzulösen. Um Kritiker mundtot zu machen und chinesische Interessen durchzusetzen, setzt das Regime in Peking ein weltweit agierendes Schattennetzwerk ein. RTL/ntv folgt in einem Investigativ-Verbund der Spur einer geleakten Liste.

n-tv NACHRICHTEN