Neben der Verkehrsfunktion erfüllt das #Wasserstraßenkreuz Magdeburg auch eine wichtige Aufgabe beim Wasserhaushalt. Mit verschiedenen Anlagen, wie den nahe gelegenen #Schleusen und #Pumpwerke|n in #Rothensee, #Hohenwarthe und #Niegripp, hilft das Gesamtbauwerk die Gewässer östlich der Elbe, z. B. den Elbe-Havel-Kanal und die Untere Havel-Wasserstraße, mit #Wasser zu versorgen. Dies wirkt sich insbesondere in trockeneren Jahren positiv aus.