Как собрать ДНК с помощью кода: симуляция молекулярных операций на Python

Синтез ДНК кажется чем-то сугубо биологическим — с пробирками, центрифугами и белыми халатами. Но что, если попробовать собрать ДНК в коде? Не просто сгенерировать последовательность, а симулировать реальные процессы: лигирование, гибридизацию, ПЦР, ошибочные вставки, ферментативные сдвиги и многое другое. В этой статье — практическая попытка воссоздать молекулярную биологию средствами Python, без библиотек типа Biopython, с нуля. Много кода, немного шуток и один вопрос — можно ли построить in silico ДНК-лабораторию? Слова “биоинформатика” и “программирование” обычно встречаются в одном предложении, когда речь идёт о парсинге геномов, анализе экспрессии генов или машинном обучении для диагностики. Но однажды захотелось большего. Хотелось не просто читать гены, а играть с ними. Моделировать их, собирать руками. Вернее, клавиатурой. Идея : построить в коде лабораторную скамью, где можно будет “сшивать” фрагменты ДНК, копировать их, проверять на ошибки. Причём без привычных библиотек вроде Biopython — просто Python, NumPy и желание воссоздать реальный молекулярный процесс в виртуальной среде. Можно ли собрать виртуальную ДНК-плазмиду и отдать её синтетической биологии? Да. Но сначала немного теории.

https://habr.com/ru/articles/916192/

#симуляция_ДНК #молекулярная_биология #python #нуклеотиды #ферменты #генетика #кодирование_биологии #пцр #лигирование #последовательности_ДНК

Хранение данных на ДНК/РНК: возможности и перспективы

Приветствую всех айтишников и технарей. Выпустив очередную часть саги про ЯМР , я словил катарсис и почувствовал за собой моральное право опять пографоманить на отвлеченные темы. И сегодня мы с двух ног ворвемся в тему хранения данных на ДНК/РНК. Тема интересная, и намного ближе к айтишечке, чем все предыдущие опусы, поэтому погнали! Добро пожаловать под кат

https://habr.com/ru/articles/818081/

#нуклеотиды #днк #рнк #холодное_хранение_данных #секвенирование