La marmotte se défends très bien contre ses prédateurs terrestres (Chiens, renards, loups...etc) quand elle n'est pas prise par surprise. En France, son principale et redoutable prédateur, contre lequel elle est souvent démunie, est l'Aigle Royal. Dans les Pyrénées, la marmotte est même la principale proie de l’aigle Royal au printemps et en hiver.