@enjey Prueba con esto (no se si funcionará):
VLC preferences:
Tools -> preferences ->
- disable "Integrate video in interface"
- then Show settings -> select "All" click on "Video" scroll down and at "Windows properties" -> "Video cropping" type 16:9
then click save and restart vlc.

@enjey ¿Distro de Linux que utilizas?

@enjey Si es el azul con dos "tornillos" es el VGA, ¿tienes el sistema actualizado y todos los paquetes? En caso de duda.. abre una terminal y ejecuta esto:
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade

@enjey ¿Lo conectas por HDMI?