¿Entonces en qué instancia me registro, puedo hablar con quien se registre en otras instancias?

Sí, igual que si tienes una cuenta de Gmail puedes hablar con alguien que tenga una cuenta de Outlook, Posteo, Mailbox, Protonmail...

La diferencia entre Twitter y Mastodon es que mientras en la primera para seguir a un usuario te vale con el:

[arroba]usuario

en Mastodon pasamos al:

[arroba]usuario[arroba]instancia.

Vamos, exactamente como en una cuenta de mail.

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Se le suele llamar redes "federadas" y sus instancias (en otras redes los llaman nodos) se conectan entre ellas para que todos los vecinos puedan interactuar.

Más allá de eso estarían las reuniones de la mancomunidad, o en este caso Mastodon y otros servicios como PixelFed, Pleroma y muchos más que también permiten interactuar. O dicho en el lenguaje de aquí, el "Fediverso". Pero ya es irnos muy lejos para empezar.

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Empecemos (simplificando mucho):

Twitter solo hay uno, centralizado, en todos los sentidos, incluido el de "se ha caído Twitter".

Mastodon es más bien un bloque de pisos. Puedes estar registrado en el 4º (mastodon.social), pero también están los demás (mastodon.cloud, mstdn.io, etc).

Puedes salir al rellano y hablar con tus vecinos de planta, lo que sería "Local". O bajar a la reunión de la Comunidad. Lo que sería la "Federada" (que como todas las reuniones de la comunidad es una locura).

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