@proprietedusage avec plaisir !
Le noyau lui-même est dans le /boot (généralement, c'est un fichier initramfs/vmlimuz/initrd, selon la distribution) mais est généré par des choses qui sont plus souvent en dehors de /boot. C'est pour ça que ça reste un peu chiant à réparer et qu'il faut un live CD/USB pour monter, faire un chroot et lancer les commandes qui vont bien. Idem pour le chargeur d'amorçage. Mais à moins que tu changes des choses très spécifiques au noyau ou au chargeur d'amorçage, les chances d'avoir un problème sont très minces.
Effectivement, selon les distributions, on peut vite se retrouver avec des vieux noyaux qui restent "au cas où", si jamais une mise à jour de celui-ci cassait quelque chose (genre un pilote par exemple). Selon ta distributing, le nettoyage peut se faire avec des outils adaptés qui vont garder éventuellement les N derniers noyaux afin que tu puisses en démarrer un précédent au cas où.
Tu utilises quoi comme distribution ?