Depuis toujours, le fichier TES est massivement critiqué pour les risques de fuites, d'abus ou de piratage qu'il crée. En centralisant au même endroit les liens entre données biométriques et identité civile de la quasi-totalité de la population, il permet à quiconque y accédant de pouvoir identifier une personne à partir de son visage ou d'une empreinte digitale.

Pendant des années, on nous a promis qu'au grand jamais le TES ne pourrait être utilisé pour identifier des personnes et qu’il y avait suffisamment de garanties pour éviter les abus. Nous venons de transmettre à la CNIL des preuves démontrant pourtant que ce risque s’est bel et bien concrétisé.

La police judiciaire ne dispose d’aucun accès direct au TES sauf dans les cas de terrorisme. Pourtant elle contourne cet interdit en exigeant, via des réquisitions judiciaires, que les administrations chargées de la fabrication et de la délivrance des titres leur transmettent les informations du TES. Elle s'arroge ainsi le pouvoir d'identifier toute personne, à partir de ses données biométriques, ce qui lui est normalement interdit.

Aussi bien l’ANTS qui gère la partie informatique que les agents des préfectures qui instruisent les dossiers transmettent ainsi des photographies et empreintes à des policiers. Ceux-ci peuvent ensuite comparer la photo du visage à d’autres images, notamment de vidéosurveillance, pour confirmer ou infirmer leurs soupçons sur l’identité d’une personne.