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​『MOLファイルを標準入出力でSMILESに変換する』
https://qiita.com/kimisyo/items/c7eb3a6a10298590438e by @kimisyo @​Qiita

#python_qiita #rdkit_qiita

MOLファイルを標準入出力でSMILESに変換する - Qiita

#はじめに MOLファイルをSMILESに変換するpythonスクリプトを作成した。これだとどこにでもある話だが、標準入力からMOLファイルを読み込んで、標準出力にSMILESを吐き出すようにした。これによって、ファイルを経由せずとも...

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​『rdkit 簡単インストール』
https://qiita.com/xlh03110/items/eca6f2f5c8eb44080a03 by @xlh03110 @​Qiita

#python_qiita #rdkit_qiita #python3_qiita #anaconda_qiita

rdkit 簡単インストール - Qiita

Rdkitをインストールして ケモインフォマティクスを始めましょう。 ![unnamed (1).png](https://qiita-image-store.s3.ap-northeast-1.amazonaws.com/0/23...

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​『Pythonで化学』
https://qiita.com/DecaltingMs/items/e9f7d2d17b22b7419cef by @decaltingms @​Qiita

#python_qiita #rdkit_qiita

Pythonで化学 - Qiita

# はじめに この前、ひさしぶりにPythonでデータ解析したんです。 pandasの使い方とかめちゃくちゃ忘れてたんですが。 そのとき、ふと思った事がありまして、 「そういえばうちの学科の同期でPython使ったことある人、あんま...

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​『RDKitで反応パターンをSMARTSで定義し反応物を生成する』
https://qiita.com/kimisyo/items/1b4897f060a4944265c7 by @kimisyo @​Qiita

#python_qiita #rdkit_qiita

RDKitで反応パターンをSMARTSで定義し反応物を生成する - Qiita

# はじめに RDKitで、SMARTSで反応パターンを定義し、そのパターンに基づき反応物から生成物を生成してみたい。 # 環境 - Windows 10 - RDkit 2019.03.3.0 # 方法 参考文献を参考にしてほ...

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​『RDKitで電荷の中和をやってみる』
https://qiita.com/kimisyo/items/af39e049f27e91ceb0ee by @kimisyo @​Qiita

#python_qiita #rdkit_qiita

RDKitで電荷の中和をやってみる - Qiita

#はじめに 前回のフラグメント除去に続き、今回も化合物の前処理の一つとして行われる電荷の中和をやってみようと思う。 #環境 - Python3.6 - RDKit 2019.03.3.0 #コード コードは以下の通りである。事例も...

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​『RDKitでフラグメント除去をやってみる』
https://qiita.com/kimisyo/items/b63e09ccfc351b602872 by @kimisyo @​Qiita

#python_qiita #rdkit_qiita

RDKitでフラグメント除去をやってみる - Qiita

#はじめに molファイルやsmilesの中に複数の化合物(フラグメント)が含まれていると、その後の記述子計算などに支障がでるため、一般的には前処理においてこれらを除去し、1つの化合物のみのにすることが行われる。今回、これをやってみよ...