https://www.helmholtz-hzi.de/media-center/newsroom/news-detailseite/datengesteuerte-erkennung-von-sars-cov-2-varianten-monate-im-voraus/
WHO Identifies New Coronavirus ‘Variant of Interest'
The EG.5 variant has been spreading rapidly in the United States and has higher transmissibility than other strains. A US health official says updated vaccines in September will offer protection against the variant.
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https://thewire.in/health/who-identifies-new-coronavirus-variant-of-interest
On en attendait un chinois, voici un BA.5.2 danois.
BA.5.2.46▶️Orf1b:T1050N + Orf1a:K510E + S:N460K + S:K444T
BA.5.2.46(.1)▶️+ Orf1a:D203N
D'un coup, ce variant acquiert la meilleure mutation de replication virale (+ une autre dans un potentiel sous variant japonais, pas encore désigné), et 2 mutations d'échappement immunitaire ++
2 mois après son apparition, comeback de CK.1 (BA.5.2.24*).
CK.1.1▶️CK.1 + S:Y144del + S:N856S
▶️S:144del: La meilleure mutation d'infectivité
▶️S:886S: Beaucoup de mutations récemment en 882-889. dans et autour du FFPR Spike (fusion cellulaire)
Ce variant dispose aussi des 4 mutations d'échappement immunitaire ++ lui venant de son ancêtre
XBB.4▶️XBB + S:K444R
Cette mutation est la seconde meilleure mutation d'échappement immunitaire connue aujourd'hui.
Tous ces XBB sont présents en France aujourd'hui, à bas bruit, attendant que leur heure vienne, peut-être.
XBB.2▶️XBB + S:D253G
Mutation de la boucle N5 du NTD Spike (la "clé" ACE2). Vue dans Iota, qui a ravagé New York début 2021 avant l'arrivée de Delta.
XBB.3▶️XBB + ORF1b:I1988V
Mutation inconnue sur le RdRp NSP12 (agit sur la réplication/transcription)
La star du moment :
XBB.1.5▶️XBB.1 + S:S486P
Le passage (qui se fait toujours en 2 étapes : S puis V) à la purine en S:486 donne le plus gros avantage d'échappement immunitaire connu à ce jour.
Cela peut expliquer son apparente dominance sur le reste de la famille.
Un sous-variant a peut-être été repéré hier, aux USA, avec une mutation S:K143H. Elle ajouterait un avantage supplémentaire d'infectivité.
XBB.1.2 et 3 ne sont pas intéressants pour le moment. On verra avec leurs éventuels sous-variants.
XBB.1.4▶️XBB.1 + S:T883I
Mutation des BA.5* de l'été 2021. Donne un avantage de croissance
XBB.1.4.1▶️+ S:S673G
Mutation à l'extrémité du furine cleavage site de la protéine spike. La même à l'autre bout (686), accroit, expérimentalement et in vitro, la transmission de +100%.
XBB.1▶️XBB + S:G252V
Une autre mutation du NTD spike améliorant l'infectivité du virus.
XBB.1.1▶️+ ORF1a:P309L
Vue dans Delta, mutation Nsp1 renforçant le détournement de nos cellules au profit de la réplication virale.