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​『cwltoolをインストールしたくない』
https://qiita.com/inutano/items/79e4ad321d64a59e2c0c by @inutano @​Qiita

#cwl_qiita

cwltoolをインストールしたくない - Qiita

CWLを始めようとしたらまず cwltool をインストールしろなどと言われ、まじむり…となったことはありませんか? 何も考えずに以下のコマンドを打つべし (良い子のみんなは何も考えずにコマンドを打ってはいけない) ``` $ e...

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​『NextflowからCWLで書かれたワークフローを呼び出す』
https://qiita.com/yuifu/items/3699d89152f2e39fdc26 by @yuifu @​Qiita

#bioinformatics_qiita #rna_seq_qiita #cwl_qiita #nextflow_qiita

NextflowからCWLで書かれたワークフローを呼び出す - Qiita

この記事は[Workflow Advent Calendar 2019](https://qiita.com/advent-calendar/2019/workflow)の17日目の記事です。コードは[GitHubレポジトリ](htt...

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​『CWLで、出力ファイルやディレクトリがどんな構造かわからないときに、調べる方法』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/968ab62076bc2cd90dc6 by @manabuishiirb @​Qiita

#bioinformatics_qiita #cwl_qiita

CWLで、出力ファイルやディレクトリがどんな構造かわからないときに、調べる方法 - Qiita

# 概要 出力ファイルがどのようになっているか? 出力されるのがディレクトリだが、その構造がわからないので、 `outputs` で指定するべきものを 記述する方法がわからないときがある # 結論 CWLが実行されたディレクトリ...

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​『CWLのワークフローを、ステップバイステップで書く。』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/e16baded333c9630bbdb by @manabuishiirb @​Qiita

#bioinformatics_qiita #cwl_qiita

CWLのワークフローを、ステップバイステップで書く。 - Qiita

# 概要 - [続・雑に始める CWL! - Qiita](https://qiita.com/tm_tn/items/83ce4c826135d78ba98f) これに載っている、 - [パイプを使ってうまいこと実行してほしい...

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​『CWLを docker in docker で使いたいときに気をつけること』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/a88a50ff5efa21560b42 by @manabuishiirb @​Qiita

#docker_qiita #失敗談_qiita #cwl_qiita

CWLを docker in docker で使いたいときに気をつけること - Qiita

# 概要 普通に動くはずの CWL が docker in docker (dind) で動かないことがあるが、 これは dind の問題ではない可能性がある # 結論 `/tmp` をマウントする必要がある。 # 問題の詳細...

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​『CWLで、ツールが複数のファイルを必要とするときなど、secondaryFiles について』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/e0e102ba44d72bfe47ac by @manabuishiirb @​Qiita

#失敗談_qiita #bioinformatics_qiita #cwl_qiita

CWLで、ツールが複数のファイルを必要とするときなど、secondaryFiles について - Qiita

# 概要 想定するのは、ファイルの拡張子がない部分を渡すと、ツールが拡張子をつけて、 必要なファイル群を探すというツールがある。 # 結論 `必要なファイル群` のうち、1つのファイルを指定し、 `文字列` は、その渡された1つ...

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​『CWLで、location と path なら、location を使ったほうが良い』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/d87c356be6c7542aaa7d by @manabuishiirb @​Qiita

#bioinformatics_qiita #cwl_qiita

CWLで、location と path なら、location を使ったほうが良い - Qiita

# 概要 `location` を使ったときは、いろいろ良しなにやってくれるのだが `path` を使うと、はまりがち `--make-template` したときにはまりがち。 # 結論 `path`や`location`では...

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​『cwltoolで、[Errno 28] No space left on device がでるときの対処方法』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/e8c903f37c71da458fbb by @manabuishiirb @​Qiita

#bioinformatics_qiita #cwl_qiita

cwltoolで、[Errno 28] No space left on device がでるときの対処方法 - Qiita

# 概要 cwltoolで、以下のようなエラーがでるときがある。 ``` [Errno 28] No space left on device on device: '/tmp/q0aq3bde ``` 実際ディスク領域...

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​『CWLで空白を含むファイルを処理したいとき』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/b4a11f470f92eb57c5db by @manabuishiirb @​Qiita

#bioinformatics_qiita #cwl_qiita

CWLで空白を含むファイルを処理したいとき - Qiita

# 概要 `cwltool` は、デフォルトだと、いくつかの文字を禁止文字としている。 空白もその1つである。 ``` ERROR Workflow error, try again with --debug for more i...

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​『CWLで、arguments が意図せずクォートで囲われてしまうケースについて』
https://qiita.com/manabuishiirb/items/770ebcb9acecb03fef7b by @manabuishiirb @​Qiita

#bioinformatics_qiita #cwl_qiita

CWLで、arguments が意図せずクォートで囲われてしまうケースについて - Qiita

# 概要 クォートが意図せずついてしまうことがある。 問題としては、コマンドにたいして、すべてのパラメータが1つの文字列として渡ってしまいエラーになる。 # 結論 解決策はおそらく2つで、 - 1行に1つだけ、データを書いていく...